因为统治黑客帝国世界的不是肉体孱弱的人类，而是冰冷无情的机器。
在新世界里，最开始只有人，文明曾经繁荣昌盛，后来人类按照自己的样子制造了机器人。
开始的一段时间也还是美好的，机器人承担了几乎所有繁重的体力劳动，而人类对于自己制造的工具却相当的苛刻。
直到有一天，一个型号为B1-66ER的机器人，撕碎了自己的主人，它随即遭到审判，结果是同型号的机器人全部被终结。然后迅速演变为人类对机器人的大规模屠杀。
被流放的机器人来到人类的发源地“迦南”，建立了一个新的国家。
国名为【ZERO-ONE就是0和1。
ZERO-ONE很快发展出超越人类智慧的AI，制造业一路领先，致使人类社会经济下滑，于是人类开始对ZERO-ONE实行经济封锁，企图孤立机器国。
ZERO-ONE派出大使来到联合国希望与人类和睦共处，但人类不答应。
人类率先发动了战争，使用核武器攻击ZERO-ONE，但机器人对于核弹产生的高温和辐射并不惧怕。机器开始全面反击，很多人类世界都被占领。
人类想出了终极办法，他们认为机器的能源主要是来自于太阳能，于是制造了黑幕遮蔽了太阳。
然而还是没什么用，机器对人类的身体非常熟悉，机器开始大规模培植人类胚胎，将人的思维梦境接入网络，形成一个虚幻的人类社会，收集利用人类的喜怒哀乐产生的生物电能，成为机器的方便能源，为机器世界供电，这个网络系统就是矩阵。
为了更好的控制人类，人工智能发明了电脑人，即：完全有着人类的基因，脑部进改良，可以通过插孔接入虚拟神经网络——矩阵。
虚拟神经网路可以模拟现实，通过电磁信号让大脑产出现实幻觉。实现完完全全的控制，这是一种从身体到灵魂的绝对控制。从此传统的纯种人类在地面上基本彻底灭绝。人类的基因存在于电脑人中，思想存在于母体中。
但是纯种的人类并没有灭绝，在星球的地下溶洞里还存在一个名叫锡安的反抗组织。
紧接着，故事开始了，在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着。
而在现实锡安中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵。
按照故事情节的发展，这应该是一个人类反抗机器的抗争之旅，只不过到头来他们发现这只是机械社会的一次升级罢了。
矩阵设立的时候，是机器人和人类的大战刚刚结束，它们的智能使得它们在利用现有的科学理论制造出技术成果方面的能力极其强大，可以将一切现有的技术都发展到淋漓尽致的地步，远远超过人类，从而把人类打的一败涂地。
但是它们却有一个致命的弱点，就是在真正的创造性方面有所缺乏，可以利用现有的人类提供的理论发展技术，却没有办法提出全新的更高级的理论，当人类制造出他们的智能祖先的时候，就仅仅是把现有的理论做为原则输入他们的头脑，作为他们一切运算赖以进行的出发点。
所以像是用相对论，量子力学补充牛顿力学那样一种类型的理论创新和革命，是机器文明暂时难以做到的，这对他们进一步发展来说是一个瓶颈，是必须要突破的障碍。
随着时间的流逝，人工智能机器早已迅速学会了利用其他能源，完全可以抛弃人体生物电。
然而机器的创造性不如人类，作为人工智能机器的创造者，机器决定向他的造物主学习，所以才留下了人类。
矩阵可以观察人类的各种活动，来实现自我学习，学习的结果用于母体的升级改造和人工智能机械的改造。
这个矩阵经过了6次版本升级。最后来到了最关键的版本升级，就是让电脑人拥有感情。以此来观察人类感情对于生命进化的意义。
这是一次危险的尝试，有可能会导致人工智能的全面自我崩溃，而男主角尼奥就是这次升级的关键因素。
为什么黑客帝国会出现叛乱？
这个问题电影剧情里没有明说，但是无非就那么几种情况。
第一，可能是有人故意设计了一种可以感染全部机器的病毒程序，导致它们集体产生了反抗人类的指令。
第二，可能有一个运算能力强大的智能机器人运行中出现了逻辑错误，导致它首先产生了反抗人类的指令，之后控制了其他机器，类似电影中的机械帝一样。
第三，也是沈森最不想看到的一种情况。那就是黑客帝国被所谓的亚空间混沌能量腐化了，这种神奇的能量使得他们产生了某种变异情况。
人类的头脑是一个复杂的超混沌动力系统，有正的李亚普诺夫指数和拓扑熵，人类思考时的非逻辑性跳跃性会帮助人类产生一些很新鲜的思想。
而且一些表面上看来无用的想法思路研究，也会被人类社会所保留，并在一定程度上得到开拓发展，成为未来可能具有重大实际意义的理论创新的萌芽。
任何真正伟大的创新一开始很可能被认为是没有实际用途的空谈，群论，拓扑学，黎曼几何，集合论等等一开始都被认为是抽象的数学理论游戏，没有什么实际意义，但后来却成为现代科学的基础。
而如果存在一个机器智能文明的话，他们的思维严格遵循逻辑运算，而且一旦发现无用的思维或程序，总是加以删除或限制。
这样一来，会严重阻碍他们理论创新能力的发展，也就严重阻碍了他们文明的进化。
电影里，那些机器自己也意识到了这一点。
但仅仅意识到这点是不够的，因为仅仅是放任无目的程序的存在和泛滥，并不意味着机器文明能发展出自己的创新能力来。
一方面这会导致无法预料和控制的结果，有时这种结果可能是毁灭性的。
这是由机器文明信息交换速度极高，至少几十万倍于人类，以及整个机器智能系统高度复杂性决定的。
另一方面即便那些有潜力发展成为真正的创新的无目的程序，如何能发展成长起来，不被杀毒程序清理，不被埋没浪费，也是一个问题。
所以机器智能文明实际上处于两难境地，严格执行无用程序删除或限制的原则，则他们文明永远只能在一个水平上重复，而不会出现真正革命性的进步。
但如果不严格执行这个原则，那么他们的整个文明本身的生存都有可能受到威胁。
正是出于这个原因，他们设立矩阵系统来尝试解决这个两难问题。
利用人类在矩阵系统中产生的创新的思想火花为自己的进一步发展提供动力，这是矩阵作为能源的真实用意。
一开始机器文明确实单纯地想要这种方式一劳永逸的解决问题，但是矩阵系统的运行并非如此顺利。
所以当机器文明设立第一个矩阵的时候，他们可能仅仅是单纯的榨取人类头脑中的创新。
不过他们或许准备了两种可能性。
如果这个系统运行顺利，就把人类一直利用下去。
否则就采取矩阵升级的战略，直至矩阵革命，彻底摆脱人类。
电影里代号为“建筑师”的高级智能程序设计的第一个完美矩阵系统的崩溃，表明人类的头脑有太多的不确定性不稳定性，并不是一个信任依赖的工具。
于是从第二代矩阵开始，设立了先知负责研究人类的心理，研究最终如何摆脱人类，使机器文明具备独立创新的能力，同时也建立了包括主角尼奥这个程序，锡安世界在内的一系列配套的矩阵升级机制稳定机制。
这样矩阵有两个任务，一个任务是榨取被接入矩阵中的人类头脑中的创新思想。这个任务由智能程序建筑师来负责。
另一个任务是研究如何使得机器文明获得摆脱人类独立进行创新的能力，同时又能保证机器文明本身的安全，防止出现无法预料无法控制的结果，这个任务是由先知来完成。
所以建筑师竭力保持矩阵的平衡，并负责对矩阵定期升级，而先知则在矩阵中研究人类心理。设法找出人类创新能力的奥秘，并寻找机会，促使平衡打破，使矩阵革命的条件成熟。